Kirkon on suunnitellut arkkitehti Josef Stenbäck. Kirkko vihittiin käyttöön 1921. Kirkkoa vihittiin alun perin Johanneksen kirkoksi, ja sen tunnuslauseena on "Jumala on rakkaus". Lause on ikuistettu varhaisempien kirkkojen muistolaattaan. Kirkon mosaiikkialttaritaulun aiheena on "Jeesus vastaanottaa syntisiä" ja sen on tehnyt taiteilija Bruno Tuukkanen.
Joutsenon nykyinen kirkko on seurakunnan kolmas kirkko. Ensimmäinen kirkko rakennettiin noin vuonna 1640. Kirkko oli maalaamaton 350 hengen kirkko. Lopulta ensimmäinen kirkko purettiin huonon kuntonsa vuoksi vuonna 1758. Uusi kirkko oli rakennettu jo valmiiksi vanhan kirkon viereen.
Seurakunnan toinen kirkko tuhoutui tulipalossa 25.4.1918 kansalaissodan melskeissä.